十三行博物館建於國定十三行考古遺址旁，館舍位處淡水河河海交接處，一側面臺灣海峽及挖子尾自然保留區，另一側面觀音山與國定大坌坑考古遺址，周邊具有許多史前遺址及歷史建物，亦與淡水河左岸、渡船頭老街、挖子尾自然保留區、八里舊城及觀音山連成遊憩區帶，成為帶動地方發展的生態博物館。本館環境教育特色為文化資產保存，整合歷年研究成果，運用多元媒材提供環境教育資源及服務。